Metagenómica shotgun aplicada con flujos reproducibles
Clasificación taxonómica, ensamblaje, recuperación de MAGs y anotación funcional. 60 horas de formación asincrónica en Linux/WSL y Google Colab.
Contenido del curso
De lecturas crudas a genomas reconstruidos y anotación funcional
Módulo 1: Fundamentos de microbioma, secuenciación shotgun y diseño experimental (10 horas)
- Lógica del diseño experimental en metagenómica
- Estructura de archivos, metadata y reproducibilidad
- Sesgos del proceso analítico
- Articulación Linux/WSL y Google Colab
Módulo 2: Entorno de trabajo, control de calidad y preprocesamiento (10 horas)
- Rutas, archivos y comandos esenciales en Linux/WSL y Colab
- Control de calidad con FastQC y MultiQC
- Filtrado y trimming con criterio técnico
- Indicadores de calidad para lecturas shotgun
Módulo 3: Perfil taxonómico en metagenómica shotgun (10 horas)
- Clasificación taxonómica con Kraken2 y Bracken
- Interpretación de reportes y tablas de abundancia
- Comparación según bases de datos empleadas
- Organización de salidas para análisis en R
Módulo 4: Ensamblaje metagenómico (10 horas)
- Ensamblaje de novo con MEGAHIT y metaSPAdes
- Métricas de calidad del ensamblaje
- Decisiones sobre cobertura y fragmentación
- Comparación de ensambladores
Módulo 5: Binning, recuperación de MAGs y evaluación de calidad (10 horas)
- Lógica del binning: cobertura y composición
- Reconstrucción de MAGs
- Evaluación de completitud y contaminación
- Asignación de linaje taxonómico
Módulo 6: Anotación funcional, análisis en R e integración del flujo (10 horas)
- Predicción de genes con Prodigal y Prokka
- Inferencia de repertorios funcionales
- Análisis downstream en R
- Integración taxonomía + función + estructura comunitaria
Precios del curso
Público general
Tesistas, doctorandos, investigadores, posdoc, profesores
Accede a tu ritmo • 3 meses de acceso a grabaciones
≈ 58,28 USD | 219 PEN | 1.051 MXN
"El programa completo me dio una visión integral de cómo evaluar la biodiversidad. Cada curso complementa al otro de una manera que no había experimentado antes."
Camila Rodríguez
Bióloga, Universidad de los Andes
Colombia
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Beneficios exclusivos del Programa Ómicas:
- 6 meses de acceso a grabaciones
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Precio del programa
$309.000 COP
(≈ 82,23 USD)
Doble certificación
Certificado de aprobación
Acredita tu aprobación en Metagenómica shotgun.
Certificado de competencias en Metagenómica
Valida tus habilidades en ensamblaje, MAGs y anotación funcional.
Lo que dicen nuestros estudiantes
El módulo de MAGs fue revelador. Entendí el flujo completo desde las lecturas crudas hasta los genomas.
Pedro S.
Investigador, Chile
Preguntas frecuentes
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