Metabarcoding aplicado con flujos reproducibles
Análisis de comunidades microbianas a partir de amplicones. Flujo completo en QIIME2, DADA2 y R con phyloseq. 60 horas de formación asincrónica.
Contenido del curso
De los fundamentos al análisis ecológico completo de microbiomas
Módulo 1: Fundamentos de microbioma, metabarcoding y diseño experimental (10 horas)
- Marcadores, regiones hipervariables, primers y sesgos del metabarcoding
- Metabarcoding vs metagenómica shotgun: alcances y limitaciones
- Diseño experimental, controles y reproducibilidad
- Contextos: salud, alimentos, suelos, plantas y ambientes
Módulo 2: Entorno de trabajo, metadata y control de calidad (10 horas)
- Google Colab y Linux/WSL: rutas, archivos y comandos esenciales
- Organización de metadata y archivos de secuenciación
- FastQC, MultiQC y fastp: reportes e interpretación
- Decisiones de preprocesamiento para amplicones
Módulo 3: Pipeline QIIME2 I — importación, demultiplexado y ASVs (10 horas)
- Importación de datos y resumen de calidad
- Parámetros de truncado y ejecución de DADA2
- Generación de ASVs y secuencias representativas
- Interpretación de salidas intermedias
Módulo 4: Pipeline QIIME2 II — taxonomía, diversidad y visualización (10 horas)
- Asignación taxonómica con bases de referencia
- Marcadores 16S e ITS
- Métricas iniciales de diversidad
- Conexión ASVs → lectura ecológica preliminar
Módulo 5: Análisis en R con phyloseq, ordenación y estadística ecológica (10 horas)
- Objetos phyloseq en R
- Diversidad alfa y beta: PCoA, nMDS
- PERMANOVA para comparación entre grupos
- Gráficos de abundancia relativa e interpretación ecológica
Módulo 6: Pipeline alternativo DADA2, comparación metodológica e integración (10 horas)
- Flujo alternativo completo con DADA2 en R
- Comparación de rutas analíticas QIIME2 vs DADA2
- Criterio técnico para elegir herramientas
- Documentación reproducible e integración final
Precios del curso
Público general
Tesistas, doctorandos, investigadores, posdoc, profesores
Accede a tu ritmo • 3 meses de acceso a grabaciones
≈ 39,66 USD | 149 PEN | 715 MXN
"El programa completo me dio una visión integral de cómo evaluar la biodiversidad. Cada curso complementa al otro de una manera que no había experimentado antes."
Camila Rodríguez
Bióloga, Universidad de los Andes
Colombia
Programa Ómicas (2 Cursos)
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Beneficios exclusivos del Programa Ómicas:
- 6 meses de acceso a grabaciones
- Comunidad privada de egresados
- Sesión de mentoría grupal
- Certificado "Programa Ómicas"
Precio del programa
$309.000 COP
(≈ 82,23 USD)
Doble certificación
Certificado de aprobación
Acredita tu aprobación en el curso de Metabarcoding con QIIME2 y DADA2.
Certificado de competencias en Bioinformática de Microbiomas
Valida tus habilidades en análisis de amplicones, diversidad y R.
Lo que dicen nuestros estudiantes
El flujo con QIIME2 y phyloseq es muy claro. Pude replicarlo con mis muestras de suelo.
Laura M.
Doctoranda, Colombia
Preguntas frecuentes
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